死亡通知单的再度出世打破了罗飞的平静生活。专案组重新集结，双方的较量再度开始。与此同时，龙宇集团被新兴势力残酷打压，阿华靠一己之力，死守邓家的产业。几大集团斗得你死我活，岂料罗飞早已周旋其间，设下了重重连环计……另一边，薛天的监狱生活也并不平静，一支神秘的铅笔丢失，引发了监狱残酷大排查，就在警方一无所获时，血案发生了……一场惊天阴谋也悄然登场。罗飞、Darker、阿华，三方的终极角逐即将开始，隐藏在幕后的真相逐渐露出冰山一角……
本剧改编自同名漫画，讲述了保护因巨大的气象灾害面临威胁的生命，运用智慧和知识在最前线冒着生命危险进行救援的SDM本部（特别灾害对策本部）成员的奋斗故事。山下智久饰演SDM本部主任、天才气象研究官晴原柑九朗，出口夏希饰演性格直接率真的气象研究助理云田彩。
上海少年杨一杉，为了追求独立生活，满怀热情远赴东北求学，与东北女孩赵多多不打不相识。与此同时把一杉从小带大的姑妈不放心侄子来陪读，多爸赵解放成了她的房东。多多一心想撮合两个长辈，于是带领一杉站在同一“战线”。在众人推动下，姑妈孤独了多年的心被善良真诚的赵解放融化着，而两个年轻人也从互相看不顺眼，到对彼此动心，成了一对欢喜冤家。
《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。
