《太乙仙魔录》为明代背景下的仙侠故事,讲述的是玄魔两道之间已经持续了数千年的纷争。因两道的决战接连两次发生在昆仑山,故又被称为昆仑之战。传说第一次和第二次昆仑之战玄门都在南极帝君和紫薇女帝的帮助下击败魔道,为中元界带来和平。我们的男女主角——小皇帝朱允炆和玄门弟子冷霜凝,正是南极帝君和紫薇女帝的转世。此番玄门内部生变,魔道众人也打算趁虚而入,第三次昆仑大战迫在眉睫。而这一次的大战的走向因为一股神秘力量的介入而显得更加阴云密布,中元界就此陷入危机。
未来世界库库鲁长大成人,即将加冕成为古灵仙族的国王,女神安琪儿与新一任花仙魔法使者“圣洁之光”雪城爱一起守护着拉贝尔大陆的和平,人们生活在宁静祥和之中。然而黑暗魔王借着人们内心的私欲逐渐壮大,他利用芬妮公主对安琪儿的嫉妒之心再一次发动侵袭,妄图抢夺神秘力量,花之法典中的花仙精灵被尽数黑化,拉贝尔大陆岌岌可危。危急关头,安琪儿女神不得不打开时空之门,将雪城爱与库库鲁送回过去的地球,去找到那个命定的魔法少女寻求帮助……