《米小圈上学记》三年级第二季讲述了以“铁三角”为主角的一群调皮机灵、聪明勇敢的小朋友们在校园里学习生活、共同成长的故事。故事分为校园生活和家庭两个场景，在温馨有爱的家庭中，米小圈和他的废柴老爸总能折腾出让米妈不省心的囧事；在丰富多彩的校园生活中，米小圈和同学们将学到丰富的科学知识、动手和参与各种有趣的校内外活动，一同解决棘手的问题与烦恼，最终成长为更优秀的人。

玛雅和她的朋友们找到了一张能赋予她们魔法力量的乐谱。她们齐心协力，努力保守秘密，却不知道有人正心怀不轨地寻找它。随着她们一起冒险，她们对彼此，也对自己有了更深的了解。最终，她们不得不扪心自问，这个世界是否已经准备好迎接魔法。