第二部里，张大勇（陶大宇饰）与李忠义这对默契排档继续与狡猾凶狠的罪犯斗智斗勇。感情方面，大勇与高婕（郭可盈饰）成为斗嘴情侣，感情稳定增长。新来的女警员蓝嘉文（郭霭明饰）单纯善良，暗恋大勇并主动示爱。令大勇和高婕的问题出现新的危机。此时，高婕发现嘉文过去曾在外国因为三角恋而放火杀人，正当要揭发这一段过去时，高婕的朋友离奇被杀。嘉文对过去的矢口否认也不像假装，大勇与高婕的误会加剧，事情的真相扑朔迷离。
月野兔（沢井美优 饰）是一位个性活泼开朗，热情善良，内心里充满了正义感的初中生。一次偶然中，她遇见了一只名叫露娜的黑猫，让月野兔感到不可思议的时，露娜竟然会说人类的语言。露娜告诉月野兔，她的真实身份是拥有强大力量的水手月亮。
秦赞、司空鸣等人是沙利尔精心挑选的“萌面先生”，他们不老不死，专门收集非正常死亡者的剩余时间。向灵儿作为一个时刻游走在死亡边缘的女生，意外闯入他们的生活，并将彼此的命运紧密联系在一起。他们一起经历了无数次生离死别，也从中收获了爱情、友情和亲情，温暖治愈了彼此。但看似正常的生活却有着一场盛大的阴谋，原来一切意外死亡都是沙利尔造成的，他们知道真相后，毅然决然选择守护人类，与沙利尔决一死战。
周衍照（熊梓淇 饰）和小萌（赖雨濛 饰）相恋多年，只是两人一直异国，在约定中，周衍照将在小萌二十二岁生日那一天回国，可就在这个节骨眼上，周衍照的父亲死于非命，害死他的不是别人，正是小萌的母亲。这刻骨铭心的仇恨让周衍照和小萌之间的感情化为了泡影。 虽然遭到了周衍照的憎恨，但小萌并没有放弃这段感情，因为她深知一切都是误会。小萌一心想要成为一名主持人，为了实现这个梦想，她不断的努力着，而周衍照也才这段时间里面对这自己的难题，两个对待生活都极其认真的年轻人，横亘在两人之间的误会会迎来化解的那一天吗？
《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。
