《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。
讲述法医鼻祖宋慈的成长传奇。
根据陈佩斯喜剧表演风格量身订做的20集电视剧。
1948年，解放军发动了辽沈战役，个别城市先行解放。郴城就是其中之一。但是国民党潜伏特务、散兵游勇、惯盗悍匪等多重阴霾使郴城陷入了不战而乱的困境，混乱和萧条充斥这个大城市的角落。原地下党员秦天亮为了使群众在新政权下重拾生机，迎接挑战，接任了郴城军管会主任。秦天亮带领侦查处处长技连才、保卫处处长孙大虎以及国外留学回国的侦查顾问耶律麒开展了一场脱胎换骨的改造工作。耶律麒对新政权一直抱着怀疑态度，虽是私家侦探专家，却一直本着一天和尚撞一天钟的态度与军管会各级干部始终保持距离。但他在这些共产党人新同行的感召下，在榜样的影响下终于变成了一名坚强的战士，发挥自己的推理特长，抽丝剥茧层层深入，在领导的运筹和同事的帮助下，最终粉碎了潜伏特务企图暗杀中央领导人的阴谋。
小说中乔九押送军时被二皇子周慕白和代双派人劫走军饱，江曳枫为了保住乔九的性命与其成亲，却被代双陷害导致二人被关入大牢。二人靠智慧化解危机，携手调查真相。调查过程中江曳枫为了救乔九被二皇子周慕白刺杀。两人回归现实生活，江曳枫意识到自己的错误向乔九求婚。
渴望自由的间谍云为衫（虞书欣 饰）为完成任务深入宫门，在阴森诡谲的宫门之中遇到爱情、友情，找寻自我，坚定前进方向，与叛逆的公子哥宫子羽（张凌赫 饰）一同成长。
