民国初年，军阀混战时期，船工子弟陈二娃在机缘巧合下，在重庆较场坝开了一家火锅馆。躲债的富家小姐李若兰、为清剿山匪而潜心卧底的魏天南和一心想讨老婆的大龄青年曾宝玉先后成为馆子的伙计。火锅馆刚开张，各种意想不到的事便接踵而来，先是遭遇同行的恶意竞争，几经周折后走上正轨，却又被山匪觊觎。在陈二娃和同行们的努力下，众人不仅协助城防大队、联合袍哥剿灭了山匪，还让深陷赌局的赌徒重获新生、令不孝的逆子迷途知返、帮助侦探捉拿通缉犯、阻止贫苦女子被卖入青楼、带领水八块小贩们抱团生存。在火锅生意逐渐红火的过程中，陈二娃获得了事业与爱情的双丰收，也让渝商艰苦奋斗的精神得以发扬和传承。
高朗是龙城集团老板，无意中看见一位外卖员被女朋友讥讽没钱没能力，为了测试自己的女朋友，决定和他互换一天的身份。来到家宴的高朗因为穿着外卖的衣服，被女友姗姗的家人无情嘲讽，最后当高朗恢复自己的真实身份时，所有人懊悔无比。
安琪媛（赵韩樱子 饰）从小就失去了母亲，父亲安向东（赵胜胜 饰）带着她，和姥姥、老爷相依为命。两位老人经营着一家祖传的老作坊，然而这淳朴的手艺却在飞速发展的大时代之中渐渐失去了生命力。安琪媛同名为林天佑（林佑威 饰）的男子相知相爱最终携手步入了婚姻的殿堂，无奈一直得不到苛刻的婆婆林秀琴（徐桂樱 饰）的认可，安琪媛在婆家的日子很不好过，她和丈夫的感情亦三番五次遭到婆婆的挑拨离间，渐渐产生了裂痕。一次偶然中，安琪媛结识了大财团董事长的儿子齐霁（彭冠英 饰），并得到后者的鼎力相助，两人单纯的友谊被林秀琴刻意扭曲，告知了儿子。
《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。
这是一个发生在南方城市的故事，然而在南方那华丽的锦缎之下，却暗涌着激烈的冲撞，一群原本陌生的人，为了这个城市的安危，为了人民的解放走到了一起，从此他们的手再也无法松开，他们，他们和他们的敌人，生死缠斗，直至生命的终点。时代在更迭，不变的是那一曲柔肠百转的“夜来香”，娓娓向我们道来，个中人物细腻与激烈，秀丽与粗放，温情与热血并存的跌宕命运…… 故事始于1949年5月，解放军进攻长海市前夕，城市里发生了一连串令人不安的事件，美军仓库被抢，美国公民遇害……西方在华使团认为这是对其在华利益的严重挑衅，因此在真相未白的情况下，把矛头指向了解放军，美国的巡洋舰已经驶到了江口，敌人试图把外国军队拖入中国的内战，战争一触即发……虽然解放军已查悉这是黑帮老大娄干堂所为，但他背后是否暗藏着更大的惊天阴谋？危机时刻，“入城指挥部”指派卫凯民等人组成先遣小分队，秘密进入...
