知青方新颜和江海洋是一对情投意合的恋人,两人拥有共同的理想,双双被推荐去上大学。他们因一场误会分手,多年后重聚时,方新颜已经和善良忠厚的周新民结婚,两人放下往事的羁绊,在工作中精诚合作。周新民因病去世,江海洋这才得知当年令人唏嘘的往事。江海洋陪伴方新颜渡过难关,并担负起照顾周家人的责任。许林波是方新颜的同事也是追求者,因为私心走入歧途,不仅给工厂带来困扰,也把自己逼到困境。方新颜和江海洋力挽狂澜,帮助工厂和许林波摆脱困境。许林波幡然悔悟,也重拾对事业的初心。
安琪媛(赵韩樱子 饰)从小就失去了母亲,父亲安向东(赵胜胜 饰)带着她,和姥姥、老爷相依为命。两位老人经营着一家祖传的老作坊,然而这淳朴的手艺却在飞速发展的大时代之中渐渐失去了生命力。安琪媛同名为林天佑(林佑威 饰)的男子相知相爱最终携手步入了婚姻的殿堂,无奈一直得不到苛刻的婆婆林秀琴(徐桂樱 饰)的认可,安琪媛在婆家的日子很不好过,她和丈夫的感情亦三番五次遭到婆婆的挑拨离间,渐渐产生了裂痕。一次偶然中,安琪媛结识了大财团董事长的儿子齐霁(彭冠英 饰),并得到后者的鼎力相助,两人单纯的友谊被林秀琴刻意扭曲,告知了儿子。
《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧,该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主,例如《重案六组》、《案发现场》等等;然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的,这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。